重度感染时，童虫也可能在门脉系统以外的器官或组织寄生并发育为成虫， 此为异位寄生(ectopic parasitism)。异位寄生的成虫产出的虫卵也可引起相应组织的肉芽肿反应，由此造成的损害称异位血吸虫病。另外，当肝纤维化引起的门-腔静脉吻合支扩大时，肠系膜静脉内的虫卵也可能被血流带到肺、脑或其他组织，造成异位损害。人体常见的异位损害部位在肺和脑，其次为皮肤、甲状腺、心包、肾、肾上腺皮质、腰肌、疝囊、生殖器及脊髓等组织或器官。